Berikut adalah rute yang dilayani oleh bus TransJogja :
1A Prambanan – JEC
Terminal Prambanan – Bandara – Stasiun Tugu – Malioboro – JEC

1B Prambanan – UGM
Terminal Prambanan – Bandara – JEC – Kantor Pos Besar – Pingit – UGM

2A Jombor – Condongcatur
Terminal Jombor – Malioboro – Basen – Kridosono – UGM – Terminal Condongcatur

2B Jombor – Pingit
Terminal Jombor – Terminal Condongcatur – UGM – Kridosono – Basen – Kanto Pos Besar – Wirobrajan – Pingit

3A Giwangan – Jokteng
Terminal Giwangan – Kotagede – Bandara – Ringroad Utara – MM UGM – Pingit – Malioboro – Jokteng Kulon

3B Giwangan – Kotagede
Terminal Giwangan – Jokteng Kulon – Pingit – MM UGM – Ringroad Utara – Bandara – Kotagede

4A Giwangan – Kridosono

Terminal Giwangan – Jl. Imogiri Timur – Jl. Pramuka (shelter: SMK Muhammadiyah 3) – Jl. Perintis Kemerdekaan – Jl. Menteri Supeno – Jl. Taman Siswa – Jl. Sultan Agung (shelter: Museum Biologi) – Jl. Gadjah Mada – Jl. Hayam Wuruk (shel…ter: SMP 4) – Stadion Kridosono (shelter: SMP 5) – Jl. Hayam Wuruk – Jl. Gadjah Mada – Jl. Sultan Agung (shelter: Pakualaman) – Jl. Taman Siswa (shelter: Karuma Swalayan) – Jl. Menteri Supeno – Jl. Perintis Kemerdekaan – Jl. Pramuka (shelter: UAD) – Jl. Imogiri Timur – Terminal Giwangan.

4B
Terminal Giwangan – Jl. Imogiri Timur – Jl. Pramuka (shelter: SMK Muhammadiyah 3) – Jl. Perintis Kemerdekaan – Jl. Veteran – Jl. Pandean – Jl. Glagahsari – Jl. Kusumanegara (shelter: SGM)- Jl. Sidobali (shelter: SGM) – Jl. Ipda Tut Harsono (shelter: STPMD dan UIN) – Jl. Laksda Adisucipto (shelter: Gedung Wanita) – Jl. Urip Sumoharjo (shelter: LPP) – Jl. Sudirman (shelter: Bethesda) – Jl. Suroto – Jl. Wardani (shelter: SMP 5) – Jl. Kusbini – Jl. Langensari (shelter: AA YKPN) – Jl. Laksda Adisucipto (shelter: De Britto) – Jl. Ipda Tut Harsono (shelter: UIN dan STPMD) – Jl. Sidobali (shelter: SMK 5) – Jl. Kusumanegara (shelter: SGM) – Jl. Glagahsari – Jl. Pandean – Jl. Veteran (shelter: Pasar Seni) – Jl. Perintis Kemerdekaan – Jl. Pramuka (shelter: UAD) – Jl. Imogiri Timur – Terminal Giwangan